與其他固體加工技術相比，干燥技術同樣也存在一定的劣勢，其中一些的劣勢如下：
  
  干燥的安全問題包括粉塵的爆炸性潛力以及產品過熱和火災的可能性，目前的設計措施顯著降低了安全隱患。
  
  一些干燥系統的復雜性需要水化操作人員，直接和間接系統的維護要求通常很高。
  
  任何干燥設施都會產生空氣排放，可能需要進行空氣污染和空氣污染控制。
  
  干燥設施的資本和運行維護成本相對較高，通常高于其他固體處理替代品（消化生物固體的土地應用，堿穩定等）。
  
  干燥材料的可銷售性對區域條件敏感，應對干燥產品的市場進行評估，以確定產品的^佳用途和價值。
  
  某些類型的固體（未消化的初級）的干燥可能會產生更有氣味的產品，這會對可銷售性產生負面影響。